Ceritanya bermula begini:
Tiga belas dek Advent Card direka untuk tiga belas Masked Rider. Mereka bergabung dengan raksasa-raksasa dari Alam Cermin yang penuh misteri, satu dimensi yang bertentangan dengan dunia kita di mana Masked Rider hanya dapat wujud. Para Rider menggunakan kekuatan raksasa sambil menyuapkan kuasa makhluk-makhluk yang dihapuskan mereka. Pencipta Advent Card menetapkan satu peraturan, iaitu hanya seorang Masked Rider akan bertahan; yang lain terpaksa dihapuskan jua, dan seorang yang tinggal itu dikurniakan satu hajat. Beginilah Perang Rider.
Di seluruh kota, ramai orang yang tidak bersalah diculik tanpa meninggalkan jejak dan tidak ditemui lagi. Ketika menyiasat kejadian ini, Shinji Kido, seorang pelatih di perkhidmatan berita Internet Jurnal ORE, menemui salah satu dek Advent Card di sebuah rumah pangsa di mana setiap permukaan yang memantul dilitupi surat khabar. Dia kemudiannya diserap masuk ke dalam Alam Cermin lalu menyedari hakikat yang menggerunkan di sebalik kehilangan orang ramai itu: rupanya orang diheret masuk melalui cermin oleh raksasa-raksasa Alam Cermin untuk dimakan. SHinji nyaris dibaham seekor naga bernama Dragreder sebelum terselamat oleh Masked Rider Knight - Ren Akiyama. Ren hendak memenangi Perang Rider dengan apa jua sekalipun. Ren bekerja bersama seorang wanita muda bernama Yui Kanzaki, yang sedang tercari-cari abangnya, iaitu dalang Perang Rider, ShirÅ Kanzaki. Didorong oleh kekuatan Ren, Shinji menyertai Perang bukan untuk menang, tetapi demi melindungi orang tidak bersalah dari ancaman Alam Cermin, dan menghentikan perbalahan yang tidak munasabah di kalangan Masked Rider. Diiringi Dragreder di sisinya, dia menjadi Masked Rider Ryuki.
Shinji bakal menyedari bahawa ada orang yang tidak dapat diselamatkan, dan bahawa adakalanya perlu untuk berlawan untuk menghentikan perlawanan. Sejauh mana pun dilalui agar impian terbesar dimakbulkan, dan pengorbanan yang perlu dilakukan, kerana sesungguhnya hanya boleh ada seorang Masked Rider.
